No disco rígido a controladora enxerga os dados de forma totalmente diferente dos Sistemas Operacionais (S.O.), enquanto a controladora enxerga setores, trilhas e cilindros, o S.O. enxerga uma longa lista de endereços, chamados de blocos ou clusters.
Um fato muito importante é que a controladora esconde as informações da organização interna dos HDS, fazendo com que todos os HDs do mercado sejam compatíveis sem precisarem de drivers. Os HDs sem serem formatados são um grande universo totalmente descontrolado, o que realiza a organização é a formatação, na qual se possui dois tipos.
Formatação física: Que permitem que os discos posicionem corretamente as cabeças de leitura, dividindo e organizando os setores, trilhas e cilindros. Hoje em dia é realizada nas fábricas antes do processo de embalagem, porém antigamente nos HDs Pré-ATA haviam que ser realizados pelo usuário.
Formatação lógica: É realizada pelos Sistemas Operacionais, via software e serve para adicionar as estruturas utilizadas do S.O., porém sempre quando realizada novamente o usuário perde todos os dados gravados no disco rígido. Ela é feita em duas etapas: a primeira realizada o particionamento de forma que se possa organizar a estrutura física do HD. (Por exemplo, instalando o S.O. em uma e os arquivos em outra). Nesta primeira etapa pode-se organizar com diversas partições diferentes, sistemas operacionais diferentes e com tamanhos diferentes. A segunda parte é realizada juntamente com o sistema de arquivos.
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